Il codice che leggi, nel mio progetto ha un motivo di esistere, in forma leggermente diversa ovviamente, come tu giustamente hai intuito e non centra nulla con questo discorso dell'.htaccess come tu giustamente ribadisci ma l'ho inserito per evitare che per qualche strana ragione fosse la causa del mio problema.
Comunque nonostante la mia ignoranza ho risolto il problema quindi non ha più motivo parlarne.