Piccolo progresso: nel codice di esecuzione delle operazioni ho aggiunto un setLocation(); all'output:
codice:
this.add(OutputArea).setLocation(0,0);
OutputArea.append("..." + "\n");
Con quelle coordinate pongo la JTextArea nel punto dove cade di default, se cambio i valori, esso scende, ma resta in secondo piano, cioè dentro il JFrame, non nel JScrollPane.