Benvenuto.
Vuoi modificare la chiave primaria in una tabella, devi stare molto attento a fare questa cosa, potrebbe avere ripercussioni inaspettate.
Questa chiave viene usata da qualche altra parte?

Esempio semplificato per capirci (non si dovrebbe fare mai così):
C'è la tabella Utenti, la chiave primaria è un codice alfanumerico.
Poi c'è la tabella Indirizzi, nella quale sono contenuti gli indirizzi di residenza degli utenti e per tenere traccia del proprietario di un indirizzo c'è anche il campo "utente" in cui è contenuto l'id uguale alla tabella Utenti.
Ora se cambi l'id nella tabella Utenti, devi ricordarti di cambiarlo anche nella tabella Indirizzi, altrimenti ti ritrovi con dati inconsistenti.

Per quanto riguarda il passaggio di dati da JS a PHP devi usare AJAX, in sostanza devi inviare dati ad una pagina PHP usando JS.
Per informazioni sull'uso di AJAX devi chiedere nella sezione Javascript, ma se cerchi su internet troverai miliardi di esempi.