Il sistema operativo mantiene associazioni estensione->COMANDO. Comando vuol dire es. su Windows:
.txt ----> %SystemRoot%\system32\NOTEPAD.EXE %1
Dove %SystemRoot% si espande per la directory di Windows e %1 si espande per il documento che si vuole aprire (con doppio-click o altro modo).
Nel tuo caso, il comando dovrà: avviare la JVM (java.exe) passando tutto il necessario per avviare la tua classe con il main.


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