Beh. La strada che prendi non puo' funzionare. Tutta la parte php e database viene trattata dal server e la parte javascript dal browser. Bisogna sapere che quando il javascript entra in azione la parte server (ovvero php/database) è terminata. Il server crea una pagina html che viene mandata al browser dopo della fine dello script php.

Per popolare una select, partendo dal valore di un'altra, hai 3 possibilità.

1 - fai una form ma devi ricaricare la pagina per aggiornare la seconda select.
2 - riempi un array con tutti i valori della tabella e da questo array con l'aiuto di js popoli la seconda a partire dal valore della prima (quello che si faceva 10 anni fa) ma se hai centinaia/migliaia di record è un macello.
3 - usi ajax con o senza jquery il che ti consente ti aggiornare la seconda select in diretta e in maniera semplice.

Il codice che ho postato è molto più semplice di quello che stai modificando. Comunque vedi te.