Codifica caratteri strana

[music_ale]

Il codice fa semplicemente questo:

FileWriter fw = new FileWriter(file, true);
pw 		   = new PrintWriter(fw);

pw.print(value);

[andbin]

Il codice fa semplicemente questo:

FileWriter fw = new FileWriter(file, true);
pw 		   = new PrintWriter(fw);

pw.print(value);

FileWriter usa il charset di "default" della tua piattaforma, che quindi risulta essere UTF-8. A FileWriter NON puoi specificare un charset.
Ma puoi usare direttamente PrintWriter con il costruttore:

PrintWriter(File file, String csn)
o
PrintWriter(String fileName, String csn)

csn è il charset. Se non vuoi UTF-8 ... quale vuoi?