splittare un file e salvare elementi nella matrice

[andbin]

Quello che devo fare e' escludere la prima parte e partire da Date;Time; ecc,

Puoi certamente usare la riga di intestazione "Date;Time;...." come "sentinella" per riconoscere l'inizio dei dati. Ovvero leggi e scarti le righe iniziali finché trovi quella intestazione. A quel punto puoi leggere "a vuoto" le successive 3 righe, quindi poi ti ritrovi solo con righe di "dati", che dovrai ovviamente analizzare in dettaglio.

Ora credo che non sia possibile fare una matrice di stringhe ed interi insieme e non sono sicuro di come java interpreti la data, come potrei fare?

Ciascuna riga è un "record" di informazione e sarebbe appropriato rappresentarla con una classe apposita.
Per le date/ore .... ci sono svariate possibilità. Il framework standard ha diverse classi per date ed orari, specialmente da Java 8 con la nuova Date/Time API.