Quindi per fare in modo che la contains funzioni su ciò che creo, devo implementare un metodo override per la equals? Sei stato molto chiaro, ma dal punto di vista pratico non ho ben chiaro cosa devo fare.
Quindi non hai ancora implementato equals/hashCode in VertexImpl?? Allora corri subito ad implementarli!
Perché altrimenti i tuoi vertex non ti funzioneranno mai come "chiavi" in HashMap.