Forse potrebbe esserti d'aiuto il TableAdapterManager.UpdateAll: Procedura dettagliata: salvataggio dei dati dalle tabelle dati correlate (aggiornamento gerarchico) https://msdn.microsoft.com/it-it/library/bb384432.aspx
Ti ringrazio Gibra appena torno in ufficio provo! Anche se mi pare davvero assurdo che se modifico 2 tabelle devo eseguire l'update di tutto il dataset (che sono 23 tabelle piene di dati).
Ti aggiorno dopo!