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Di quale cartella .ssh stiamo parlando? Quella di un utente o di root?

Su Debian in una configurazione standard il server web gira con i permessi di un utente adhoc, quindi php non può leggere i dati presenti dentro le cartelle degli altri utenti, non puoi avere un accesso ssh al server?

Come mai vuoi copiare quei file? Magari c'è un modo diverso per risolvere il problema.
Scusa, mi spiego meglio:

- Esatto, il percorso è "/root/.ssh".
- Il SO sarebbe Raspbian
- L'utente che utilizzo, quindi l'utente del web server è www-data, al quale ho provato ad assegnare i permessi sulla cartella "/root/.ssh"
- Da console tutto funziona, lanciando il comando ssh-copy-id per la copia della chiave pubblica e copiando il file generato in "/var/www/.ssh".
Questo per permettere ad Apache di lanciare comandi ssh su un altro server.

Spero di essere stato chiaro, la procedura è un pò complessa.