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non ci sto capendo nulla:
sono cambiate le policies della versione 8
Se ti riferisci al nuovo sistema di licensing, sì le cose sono cambiate (ma da relativamente poco tempo). Ma Java 8 risulta che è ancora totalmente free. Non ti so dire molto altro ... non ho seguito molto questi aspetti di licenze ...

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non ci sto capendo nulla:
dalle nuove versioni stanno levando libreria / facendo pulizia
Sì, stanno facendo "pulizia".
Se ti riferisci anche al problema che hai avuto con Apache CXF, beh, quello è uno dei casi. Può capitare ... ma in quel caso hai risolto semplicemente con una dependency in più.

In altri casi è decisamente meno facile. Racconto solo questo: ho la (diciamo) sfortuna di aver ricevuto un notebook di lavoro che ha il monitor in high-dpi (è una Full HD su 15" !!). Ed è per me un pochino un "disastro".
Qualche settimana fa ho dovuto installare il SoapUI per delle prove su dei webservice SOAP. Bene, l'ultimissima versione di SoapUI gira con un suo JRE 8 incorporato nel pacchetto. E che non ha il supporto per high-dpi (introdotto se non sbaglio nel JDK 9).
E quindi .. male, SoapUI si vede piccolissimo, che mi ci cavo praticamente gli occhi. Sulla macchina ho anche un JDK 11, smanettando un po' sono riuscito a lanciare SoapUI con il JDK 11. Peccato che schianta quasi subito perché ..... usa la famigerata sun.misc.BASE64Decoder che è stata rimossa già nel JDK 9.
Ma il problema non è tanto questa rimozione ma il fatto che un software come SoapUI usi ancora quella robaccia quando da Java 8 c'è la java.util.Base64 "ufficiale".

Ero quasi tentato di scrivere a quelli di SoapUI. Poi me la sono cavata impostando nelle property del .exe di SoapUI l'override di sistema per high-dpi. Si vede "sfuocato" ma è meglio che cavarci gli occhi ...

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[*]non si capisce bene che fine farà Jave EE
Java EE è passato alla Eclipse Foundation. E quindi qualcosa di sicuro cambierà ...

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oggi ho già visto su un blog che si parla di JDK 13
Sì ma il JDK 12 è appena uscito a Marzo. Ci vorrà ancora un pochino per il JDK 13.

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qualcuno sa darmi una dritta sulla questione o un consiglio???
Innanzitutto hai detto solo "un programma in java per un server". Quindi è un po' vago.
Che tipo di webapp dovrà essere? Per esporre webservice? (e se sì di che tipo?) Con front-end e se sì fatto come?