devi chiarire,
eseguire js all'interno di un pdf non ha senso, il lettore pdf non è un browser e non può eseguire codice js.
quello che puoi fare è inserire un link all'interno di un pdf che ti porta su una pagina web e *in quella pagina* eseguire la funzione js che vuoi.
in questo caso puoi inserire un link con un hash che contiene il nome dell'azione che vuoi fare, ad esempio
http://www.miosito.com/miapagina.html#nome_azione
all'interno di miapagina.html avrai uno script che controllerà se esiste un hash e in caso eseguirai la funzione crea_cookie
codice:if (location.hash == "nome_azione") { crea_cookie(); }