io farei così:
1. mi salvo il file json su disco (server) con un nome (semi)casuale.
2. nel form metto in un campo hidden questo nome
3. Nel ciclo (per ogni riga) metto un solo checkbox con nome = esempio[] e value il numero di riga (metti un $index=0 che incrementi nel while)
Nel post su createcsv.php
1. faccio $data=decode del file json con il nome ripreso dal post
2. fai un ciclo su $_POST['esempio'] (foreach($_POST['esempio'] as $value) )
3. riprendi $data[$value] e lo passi a fputcsv