Da Home a Pro si tratta solo di attivare funzionalità disabilitate e scaricarne di nuove, un po' come se installassi qualche nuovo software, non è un upgrade che implica cambiamenti di componenti di sistema già installati.
Il problema del "sistema ibrido" lo puoi avere con aggiornamenti di major release come da 7 o 8 a 10, non all'interno delle stessa versione, altrimenti il problema ti si ripresenterebbe ad ogni aggiornamento di versione di Windows 10 e quelli sì che ti vanno a modificare componenti già installati.