La motivazione è abbastanza semplice, tu posizioni gli script nell'head mentre dovresti posizionarli prima della chiusura del tag body, ho provato anche applicando defer sullo script ma ovvimanete senza successo, questo perchè all'interno del tuo html utilizzi dei richiami a script tramite onchange, questi possono essere sovrascritti solo applicando le modifiche che ti ho detto.

Inoltre non capisco perchè richiami due volte gli stessi script nell'head :

codice:
window.addEventListener("DOMContentLoaded", e => {
  // Original JavaScript code by Chirp Internet: chirpinternet.eu
  // Please acknowledge use of this code by including this header.
....}

<script type="text/javascript" src="assets/js/app.min.js">
<script src="app.min.js">
In pratica hai copiato alla lettera il mio codice, ma dovevi prendere lo script della tua libreria app.min.js solo come esempio, visto che nel tuo html è già presente, in questo caso devi solo spostarli prima della chiusura del tag body per ottenere una cosa simile a:


codice:
<!DOCTYPE html>
<html lang="en">

<head>
    <meta charset="UTF-8">
    <meta http-equiv="X-UA-Compatible" content="IE=edge">
    <meta name="viewport" content="width=device-width, initial-scale=1.0">
    <title>Document</title>
</head>

<body>
    <table cellpadding="0" cellspacing="0" width="800">

    </table>

    <script type="text/javascript" src="assets/js/app.min.js"></script>
    <script>
        window.addEventListener('load', () => {
            const inputOnchange = document.querySelectorAll('input[onchange]')
            const inputReadonly = document.querySelectorAll('input[readonly]')
    
            function fixReadOnly() {
                Array.from(inputReadonly).forEach(input => {
                    input.value = String(input.value).replace(',', '.')
                    input.value = Number(input.value).toFixed(2)
                })
            }
            function formatInput(e) {
                fixReadOnly()
                e.target.value = String(e.target.value).replace(',', '.')
            }
            Array.from(inputOnchange).forEach(input => {
                input.addEventListener('change', formatInput)
                input.value = String(input.value).replace(',', '.')
                fixReadOnly()
            })
        })
    
    </script>
</body>
</html>