Sì rimpiazzando però completamente quello precedente, non facendo aggiunte o modifiche, per questo ti viene chiaramente detto di non spegnere durante la procedura, perché se la interrompi il PC non ha più il firmware completo per poter partire. E' anche il motivo per cui su alcune schede madri sono presenti 2 chip per il BIOS, uno è quello che si usa quando le cose vanno bene, l'altro quando il primo viene corrotto per darti la possibilità di avviare comunque il PC e sistemare il BIOS sul chip di uso normale.
EEPROM - Electrically EREASABLE Programmable Read Only Memory, quindi la memoria deve essere prima cancellata (ereasable) per poterci riscrivere.