forse è meglio che spieghi esattamente che vuoi realizzare

perchè per aprire una finestra sopra il tuo movie basta fare una popup (e se fai una ricerca su questo forum troverai un mucchio di script per ogni esigenza: da centrate a full screen a messe in una posizione particolare)

però io ho il sospetto che tu voglia fare una specie di finestra trasparente che copra il movie in modo da simulare che il mov sia all'interno del swf, ho torto? se è questo quello che cerchi penso che dovresti aprire un thread anche nei forum di javascript o html