con un bat semplice non lo puoi fare. L'opzione /D fa il controllo fra i file da copiare e la cartella di destinazione. Se la cartella la crei al momento, ti copierà tutti i file ogni volta!
supponiamo che devi backuppare il disco C nel disco D

codice:
D:
MD Backup
REM crei la cartella Backup
xcopy c:\*.* d:\Backup /s/e/y/d
REM copia anche le sottodirectory senza chiedere conferma per sovrascrivere, solo se il file di destinazione è più vecchio di quello di origine
poi apri le operazioni pianificate e gli specifichi di schedulare il batch che hai creato

secondo me comunque è meglio se usi il backup di Windows