Ok, andiamo con ordine:

1) Xp è in FAT32: bene
2) bootloader: non intendevo un programma specifico (come quello di partition magic) , ma il bootloader di windows Xp, che in pratica è proprio la finestra che hai detto e che all'inizio ti consente di scegliere tra windows 98 e Xp ( in pratica è la visualizzazione grafica del file nascosto boot.ini): anche qui sei a posto
3) F: allora ti eri espresso male all'inizio, qui hai soltanto collocato un programma che gira sotto win98, e non un'altra versione del sistema operativo.

Allora, vuoi formattare D: e F:, giusto?

Fai i salvataggi di tutto quanto ritieni e poi procurati un floppy di avvio di win98 altrimenti preparalo con l'apposita utility di win98 "crea disco di ripristino"

Poi, accendi normalmente il PC, vai in C: e cancella questi files (spero tu abbia abilitato la visualizzazione dei files nascosti e delle estensioni dei files- altrimenti fallo con Esplora risorse/strumenti/opzioni cartella/visualizzazione):
- boot.ini
- bootsect.dos
- ntldr
- ntdetect.com

Spegni il pc, inserisci il floppy di avvio, accendi il pc, al prompt dovrai digitare sys c:
Apparirà sistema trasferito, o qualcosa del genere.
Per sicurezza, spegni, togli il floppy, avvia il PC, dovrebbe avviarsi SOLO con win98 (niente più bootloader)
Fatta la prova, andiamo avanti. Spegni, rimetti il floppy, accendi, al prompt dai il comando format D: per formattare D: (al termine della procedura non dare nomi alla partizione)
Terminato ciò, prosegui dando format F: per l'altra.
A questo punto hai formattato.
Spegni, togli il floppy, riaccendi normalmente, inserisci il CD di winXP, inizia l'installazione ricordandoti al momento opportuno di selezionare "Nuova installazione" e successivamente la partizione D: per installarlo: Attenzione: questa fase è delicata: se non esegui correttamente le istruzioni ti si installa assieme a win98 in C: e allora è un casino...