Pur avendo gestito sistemi multiboot, purtroppo non ho mai avuto un sistema con più di una copia di win98 installato, per cui non so risponderti.
So però che win98 richiede di essere installato in una partizione primaria, per cui forzatamente in C:

Tuttavia esistono dei sistemi per installarlo anche dopo Xp e anche in altre partizioni del disco.

Per ripulire F: devi formattare come detto, poi prima di installare lì nuovamente win98 ti consiglierei di consultare qualche "guida al boot.ini" (il file che avvia più sistemi operativi) "guida al multi-boot" "come installare più S.O." ecc...

Insomma, datti da fare con i motori di ricerca, visto che nel web è pieno di siti che sviscerano tutte queste problematiche.
Ciao