è una soluzione talmente macchinosa che non so neanche se sia il caso di proportela...

...comunque, tanto per curiosità

facendo così funziona

caricaWav = new Sound();
caricaWav.attachSound("chargeWav");
sottofondo=new Sound()
sottofondo.attachSound("stormy")
sottofondo.start(0,999)

function menuPress() {
secondi=Math.round(sottofondo.position/1000)
caricaWav.stop();
sottofondo.start(secondi,999)
caricaWav.start(0, 9999);
}

cioè caricando anche il suono di sottofondo come attachsound e facendolo ripartire esattamente dove era stato stoppato

altrimenti non c'è verso, lo stop fa fermare tutti i suoni in esecuzioe concatenati o non concatenati che siano