Puoi farlo solo con la versione completa di acrobat.
Al momento di salvare il file gli metti le opzioni di protezione che vai, tra le quali anche apertura riservata.
Tali opzioni sono modificabili (conoscendo la password....).

I file pdf, semplificando, sono praticamente delle stampe su file, leggibili con apposito programma (sarebbe il reader).
Il "compilatore" (cioè il driver stampante che cre il file pdf) può anche essere gratuito (ce ne sono parecchi in giro), ma, logicamente non permettono uleriori elaborazioni sul file.
Questi file sono cmq modificabili con un'apposita versione, dal costo all'incirca di 300 €uro (a seconda della versione).
Con la versione full si possono aggiungere protezioni, link, cataloghi ed many more.