Ciao,
i file si trovano dentro la directory DATA nella directory in cui è installato Mysql.
In DATA a ogni DB corrisponde una directory contenente i file che ti interessano.
Per trasferire i dati basta fare copia e incolla della directory del database che ti interessa, se non ricordo male puoi anche copiare da windows a linux e viceversa purchè le tabelle utilizzate siano tutte di tipo myisam (default)

Altrimenti devi ricorrere a mysqldump (vedi manuale)