questi prob li ho avuti anche io che da poco smanaccio con gentoo come te!
ecco come ho risolto: metti in autoload questi moduli:

usbcore
ehci_hcd
ohci_hcd
usbmouse
usblp
usb_storage


i primi 3 servono per accedere alle periferiche usb
il quarto non ha bisogno di spiegazioni
il quinto serve se usi una stampante usb
l'ultimo serve per le penne usb

vedrai che così sei a posto!
sciau

ps io uso il kernel 2.6.5 e tutto va bene