window.onload = function() {
externalLinks(); // Per i links, vedi sopra.
}

Dove externalLinks è la funzione da richiamare.

In realtà metterlo nel file .js o il più classico onload non cambia nulla, l'unica cosa che può essere di vantaggio, è che risparmi un po di tempo se la funzione deve essere caricata su tutte le pagine, o per avere una lista di funzioni da caricare tutte insieme, ma a parte tutto mi pare inutile.

A no, il file .js così diventa "esportabile" ovunque senza dove dare spiegazioni, su come implementarlo nelle proprie pagine, il che non è poco.