Ciao,
non so se è una scelta conveniente, in primo luogo perchè devi fare molta attenzione alla sicurezza del sistema, e poi perchè forse non ce n'è bisogno.
Per un file manager penso che mi servirei degli utenti FTP e userei le funzioni php ftp.
Volendo credo che in rete tu possa trovare anche diversi progetti già pronti.