Ahem...probabilmente avevo un po' di sonno quando ti ho risposto

Gli utenti "esterni", quelli che accedono via WEB, non possono usare php-ftp a meno che non abbiano un webserver instalato sulla propria macchina...quindi tanto varrebbe fargli utilizzare un client FTP.
L'unica soluzione, tanto più che i file sono piccoli, è il normale upload da pagina WEB.
Dovresti creare degli utenti HTTP (ovvero Apache lascia accedere alla pagina WEB per l'upload HTTP solo certi utenti, che poi dovranno essere gli stessi utenti "interni" che usano Samba)
http://httpd.apache.org/docs/howto/auth.html