Ciao; non l'ho provata ma penso che così dovrebbe abdare:

codice:
public void checkContent( String daCercare, String daAggiungere, File mioFile ) throws IOException{

    BufferedReader buff = new BufferedReader( new FileReader ( mioFile ) );
    String appoggio = null;
    int indice = -2;
    while( ( appoggio = buff.readLine() ) != null ){

      indice = appoggio.substring( 0, daCercare.length() ).indexOf( daCercare );
      if( indice > -1 ){

        PrintWriter f =new PrintWriter( new FileWriter( mioFile, true ) );
        f.println( daAggiungere );
      }
    }
  }