La risposta e' semplice.... il problema dipende dalla gestione della password in mysql.user. La versione 4.1.x adotta un hash a 40 digit invece del precedente a 16 digit. Quindi cambia l'algoritmo. I vari client utilizzano invece la funzione password() (16) e percio' pur essendo la password corretta, non viene piu' riconosciuta.

Avevo in mente di fare una pillola al proposito, infatti solo pochi minuti fa ho messo un post in OT per valutare in modo empirico chi e come ha mysql 4.1

Guarda questo link... suggerisce alcune soluzioni al problema.

http://dev.mysql.com/doc/mysql/en/Old_client.html