L'unica spiegazione che mi viene in mente è che:
1) Sia impossibile...cioè non ne capisco il motivo
2) Il file è "manomesso", nel senso che vi è attaccato un qualcosina che non ci dovrebbe essere e che camuffa la dimensione reale del file...come per i rootkit che installano una versione di netstat ad hoc per nascondere i processi, questo "qualcosina" si incoda al file in oggetto, camuffa la dimensione per evitare che AV o firewall notino il cambio di dimensione...

Ipotesi tirata per il collo, ma non mi viene in mente null'altro...