Si chiama frammentazione interna ed è effetivamente uno spreco di spazio. Percentualmente è più vistosa sui file di piccole dimensioni. Un file di 1 byte occuperà comunque la dimensione minima pari a quella del cluster. Se il cluster è di 4192 byte si ha uno spreco del 4191%
Cluster piccoli riducono la frammentazione interna ma richiedono sul disco tabelle più grandi per la loro gestione.

Concordo con Makuro, il fatto che la dim su disco sia più piccola della dim effettiva mi sembra impossible. Sei sicuro? di che file si tratta?