Provo ad indovinare... non hai messo un'istruzione che blocchi l'esecuzione del programma quando questo ha finito... qualcosa come
codice:
/* Ultima istruzione del programma, prima di un eventuale return 0 */
int c = getchar();
Questo accade perchè la finestra della shell viene terminata quando termina l'esecuione del programma.


Ciao.