Mi sa che devi farti un po' di chiarezza.
Usi java e javascript come sinonimi, mentre sono due cose molto diverse.

Poi i JS puoi inserirli nella head o nel body, ma non fuori da questi.

Comunque queste cose sono trattate molto bene nei tutorial JS, che dovresti leggerti (si tratta di investire una giornata, ma risparmieresti molti errori e dover rifare daccapo le cose).