Mmmmm..sarebbe meglio avere il codice del CSS perchè così non sono in grado di dirti da cosa possa dipendere. Certo è che potresti usare dei template a 3 colonne e modificare quelle così sei sicuro di non avere problemi. Credo che il problema derivi cmq dai position, non tanto delle colonne laterali ma del box container. Poi magari mi sbaglio ma io cercherei li l'errore.