Puoi impostare i CSS per l'<object > direttamente (non serve inserirlo in un <div>).

Inoltre se dai all'oggetto l'altezza uguale a
screen.height
e` chiaro che inserisce barre:
1. la finestra puo` essere minore dello schermo
2. ci possono essere oggetti (barre di windows o altro) sullo schermo che diminuiscono lo spazio
3. ci sono i bordi della finestra.

In complesso dovresti usare
document.body.innerHeight
o qualcosa di simile.

Ma se usi il 100% del CSS non dovresti avere problemi.