ma, invece delle checkbox puoi usare o le select o i radio button (per evitare che allo stesso dipendente metta assente e presente contemporaneamente)

e poi la query di inserimento la metti in un ciclo, un giro ad utente, dove ci sarà una parte fissa (update tab_dipendente set) e poi quello che uppi si differisce a seconda del request.form che ti ritrovi

questo a grandi linee