La puoi inserire in una qualsiasi parte del body, il codice tra i tag <script> non lo vedi ma vedi solo il richiamo alla funzione. Però questo vuol dire che devi cliccare su un link per aprire in fullscreen, non lo fa automaticamente (e col blocco delle popup di xp/sp2 non conviene usare window.open auotmaticamente, senza richiamarlo a mano).

Comunque personalmente ti sconsiglio di usare una cosa del genere solo per rendere il layout più omogeneo: se voglio il fullscreen premo F11, se lo fa il browser da solo tendo ad essere... poco contento, diciamo.

Piuttosto se vuoi adattare il sito alle varie risoluzioni, fai una ricerca nella sezione scripting che se n'è parlato non molto tempo fa. Ciao