"permesso" non mi sembra una parola adatta al contesto. userei piuttosto "semanticamente corretto" o simili.

Non capisco il tuo uso di "inizializzare". perche` si fanno altre operazioni poi su un'organigramma?

Per come lo vedo io (ma forse ci sono sistemi diversi di organigramma), si potrebbe usare una serie di <ul> e[*] opportunamente innestati.