Tutti e due gli script sfruttano l'evento onload per avviarsi... ma nella pagina non possono esistere due gestori: devi riunirli.
Elimina le due porzioni dai rispettivi files:
codice:
window.onload=function(){
if(document.getElementsByTagName && document.getElementById){
    document.getElementById("nav").className="jsenable";
    BuildList();
    }
}
// ---------------------------------------------
window.onload=function(){
if(!NiftyCheck())
    return;
Rounded("div#nifty","all","#FFF","#D4DDFF","smooth");
}
E inseriscine uno solo, magari in un file esterno a parte da includere dopo i precedenti:
codice:
window.onload=function(){
if(document.getElementsByTagName && document.getElementById){
    document.getElementById("nav").className="jsenable";
    BuildList();
    }
if(!NiftyCheck())
    return;
Rounded("div#nifty","all","#FFF","#D4DDFF","smooth");
}
ciao