come detto dall'utente che mi ha preceduto, non esiste una strategia precisa.

Io faccio così:

nella root metto la index, i 2 o 3 css, gli script, .htaccess e la favicon; tutto il resto lo metto nelle cartelle (es. le foto e tutto ciò che riguarda la fotografia nella dir /foto, gli articoli di informatica in /informatica e così via)
Per le news invece uso il database, quindi non c'è bisogno di cartelle

con questa organizzazione mi trovo molto bene:
  • avere il nome di una dir che corrisponde a una possibile key di ricerca aiuta nel posizionamento sui motori
  • aiuta gli utenti a raccapezzarsi nel sito, soprattutto se affianchi il tutto a un sistema di navigazione a breadcrumbs (es. HOME > DIR > PAGINA)
  • mi è più facile scrivere codice e aggiornare il tutto (dato che i nomi delle dir sono intuitivi e rispecchiano l'argomento trattato)

Cos'altro? Ah, si, le immagini: se le richiami da una pagina particolare, forse conviene metterle nella stessa cartella. Ma se le richiami da più pagine, è sicuramente meglio predisporre allo scopo una bella cartella /img, ma puoi chiamarla anche /foto_hard_di_paperina, tanto nell'url non compare.
Stesso discorso per le pagine di errore personalizzate (404 ecc)

spero di esserti stato utile