windows non ha mai avvisato nessuno che il pc è infetto, casomai può essere il tuo virus o malware che lo fa. classico comportamento dei falsi antispyware.
comincia con il capire cos'è quel popup in basso a destra, per esempio facendo start>esegui>msconfig>avvio, magari descrivendo quali processi si avviano in automatico.
cmq all'inizio cerca di fare quello che dicono i moderatori nelle discussioni in evidenza.
per vedere processi nascosti c'è un ottimo prog shareware "Security Task Manager" su www.neuber.com , così come ce ne sono anche tanti altri. provalo e fai sapere