Le tabelle InnoDB erano già presenti nella versione 3.

Nella 5 ci sono anche le stored procedures e i triggers.

Allo stato attuale di sviluppo della versione 5 non si attendono significativi cambiamenti fino alla release stabile. Ormai molti software di gestione supportano pienamente le features di MySQL 5 quindi credot che nessuno si aspetti grosse modifiche.