mkiso crea iso da file preesistenti su un hdd.
mkiso non crea un' immagine da un cd.

Non so cosa usa k3b di preciso per creare le immagini dei cd/dvd.
Le immagini create con dd risultano buone, le monto e le masterizzo senza problemi.

Devo dire inoltre che su un forum ho visto anche questo:

cat /dev/cdrom > immagine.iso