Su su coraggio, non è così grave

http://www.innodb.com/licenses.php

InnoDB è GPL (e una volta che un software è GPL lo rimane per sempre) questo significa che finchè usi MySQL nel rispetto dell'open source potrai sempre usare innodb.
MySQL GPL avrà sempre a disposizione Innodb GPL

L'eventuale problema riguarderebbe la licenza commerciale di MySQL (obbligatoria se decidi di usare MySQL per applicazioni che non rispettano le specifiche GPL, come distribuire applicazioni prive di sorgenti)

Però Oracle non sembra bellicosa
http://www.oracle.com/innodb/index.html

Ad ogni modo Esiste anche il
BDB storage engine e se MySQL decide di impegnarvisi puoi stare sicuro che nessuno sentirà la mancanza di innodb.
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/...teristics.html


[EDIT]
Come immaginavo, gli eventuali problemi riguarderebbero solo la versione commerciale di MySQL ed, eventualmente, gli introiti di MySQL AB
http://jeremy.zawodny.com/blog/archives/005490.html