linux quando si avvia lancia gli script di init, questo è fatto in modo da avviare ogni demone o server con i permessi corretti proprio per evitare aggiustamenti dei permessi assurdi.
Gli script di init che hai lanciato manualmente sono linkati nella dir di default del tuo inittab.

Lo vedi lanciando:

codice:
grep default inittab
se fosse 2 allora vedresti in /etc/rc2.d/ dei link del genere:
codice:
lrwxrwxrwx   1 root root   16 2005-04-12 04:18 S91apache -> ../init.d/apache
questo link dice di far partire il servizio (S), con ordine da 0 a 100 (91) in modo da poter scegliere quando farlo partire.

siamo un po' OT però...

ciao

N.B. comunque poi a seconda del server che lanci esso partirà con i permessi legati all'utente corretto.
Ad esempio in debian apache parte con utente www-data (che ha permessi solo in ambito di web server, quindi in teoria se ti buttano giù il server hanno in mano una shell con utente www-data che può fare poco rispetto a tutto l'ambito del server)