Di sistemi ne esistono a bizeffe... di sistemi sicuri, solo quelli che utilizzano un linguaggio server-side (asp,php, jsp etc etc) perché altrimenti, da qualche parte, nome utente e password dovrai pur metterli...e quel "qualche parte" è raggiungibile (accessbile) via web altrimenti lo script non funzionerebbe.

Consiglio: determina quale linguaggio server-side il tuo servizio hosting ti metta a disposizione. Se stai su html e basta, la vedo dura a fare un sistema sicuro. Se invece hai a disposizione altro, posta nella sezione appropriata del forum (meglio se parti con una ricerca: upload con/senza implementazione di eventuale socket ftp è un tema diffusamente trattato).

Saluti.