Mi dispiace dirtelo, ma un problema simile si risolverebbe solo usando position: fixed...che ovviamente il buon Internet Explorer non supporta! Quello che vuoi fare tu, se ho capito bene, è la stessa cosa che volevo fare io con alcune pagine del mio sito, ovvero "simulare" due frames: uno con altezza fissa sempre in basso alla finestra e l'altro che adattava la sua altezza alla parte di finestra "libera". Tutto funziona finché il contenuto della parte superiore non è più alto della pagina...a quel punto infatti, anche se la pagina può essere scrollata, il box posizionato in basso resta fisso nella sua posizione iniziale e scorre insieme alla pagina. Usando position: fixed invece, la posizione del box è determinata sempre a partire dall'angolo superiore sinistro della pagina e tale box resta "fisso" non rispetto alla pagina, ma rispetto alla finestra.

Nel tuo CSS comunque c'è una piccola imprecisione...non conviene mai (e non penso sia "logico") specificare insieme tutti e 4 i valori dell'offset per un box posizionato in modo assoluto, relativo o fisso. Bisognerebbe impostare l'offset verticale e quello orizzontale tramite rispettivamente una sola delle proprietà top/bottom e left/right. Tu le hai impostate tutte e 4 ma se ad es. il tuo box è largo 1000px e la pagina è visualizzata in 1024 x 768, non ha molto senso impostare left e right entrambi a 0...ne basta una sola. Poi, non converrebbe impostare top: auto perché auto ha senso per i margini orizzontali di un box (per centrarlo orizzontalmente). Se impostato per un margine (o un posizionamento) verticale non serve ad "adattare" automaticamente quel margine a occupare tutto lo spazio disponibile. Sarebbe più logico impostare top: 100% e attribuire un margin-top negativo al box che deve stare "in fondo alla pagina" pari alla sua stessa altezza. O più semplicemente, basta non impostare la proprietà top per quel box e assegnargli invece bottom: 0.

Tra parentesi...non so come avevo fatto, ma ero riuscito a realizzare una struttura simile funzionante sia su Firefox che su Explorer 5 senza position: fixed...ovviamente a Explorer 6 non piaceva...