Hai degli script nel movie?

Il rallentamento succede a intervalli regolari?

Fai la prova: apri il task manager e controlla il cpu mentre proietti il movie; se dà 100% nei momenti di rallentamento, c'è qualcosa che ciuccia tutte le risorse, in quei momenti.

E' difficile dire cos'è senza vedere il sorgente, ma la causa dell'andamento a scatti, se hai fatto una normale interpolazione, è quasi certo che sia quella.