prova con un ripristino del sistema, piuttosto indietro nel tempo, più o meno da quando hai notato i primi problemi e se da li ti carica procedi a pulire con tutti i file che conosci (antivirus, scandisk, lavasoft, regcleaner ecc.....). vedi se ottieni qualche spiraglio di luce.

comunque la mancanza di file .sys (di sistema appunto) è piuttosto grave e mi sa che il formattone sia la soluzione più utile per "ricostruire il tutto".

in ogni caso vedi che file è che ti segnala ma, te lo dico per esperienza, è molto improbabile riaggiustarlo.
ciao