Generi tutto tranne l'installer, passi i file al dotfuscator sostituendoli a quelli originali e quindi generi il progetto di installazione. Comunque se in VB.NET 2005 ci sono gli eventi di post-generazione allora ti conviene usare quelli, anche se non ti posso aiutare (il mio VS.NET 2003 mi va più che bene ed eventualmente per il resto uso #develop).